Fue la Primera dama Marta Larraechea Bolívar, durante el Gobierno de Eduardo Frei, quien gestiona su creación desde la fundación Tiempos Nuevos. Inaugurado en marzo del 2000, el MIM se emplaza en la comuna de La Granja, en el límite con las comunas de La Florida y San Joaquín, al centro de barrios periféricos y populosos. Con un edificio de 7.000 metros cuadrados y un Parque de 11 hectáreas, constituye un fantástico lugar de aprendizaje y experimentación en que los visitantes desempeñan, con su acción, un papel fundamental. Por su magnitud también se ha convertido en un espacio de recreo y expansión familiar.

Tradicionalmente un museo es un edificio con muchas salas donde se exponen y guardan colecciones que reflejan los diversos aspectos de la existencia humana con el propósito de divulgar la cultura.

En el caso del MIM podemos hablar peyorativamente de un Museo sin Colecciones. El 50%  de los mecanismos y experimentos se compraron en el exterior. El otro 50% fué necesario crearlo y producirlo en Chile, en el museo ó en talleres. Varios equipos multidisciplinarios, entre ellos científicos, diseñadores, técnicos, escultores, músicos y otros, se encargaron de esa tarea que continúa hasta hoy. 

El logotipo, creado por la diseñadora Bernardita Brancoli,  sintetiza y expresa de manera magistral los conceptos centrales del Museo: las manos que crean y juegan a enmarcar unos ojos, que se asombran y aprenden.

Un diseño estético y pregnante, de mínimos elementos y gran expresividad. Los colores le dan un carácter lúdico, alegre y reconocible, sin caer en los esterotipos de las imagénes infantiles.